Первые мысли об организации ООПТ на территории, которая сейчас носит название «Койгородский», появились ещё в 1990-е годы. В 2009 году было подписано соглашение о намерении создания нацпарка, затем начались плановые обследования, разработка эколого-экономического обоснования. Лишь к концу 2019 года было принято окончательное решение – постановление правительства о создании нацпарка вышло в декабре.